Можно установить еще один антивирус в винду, которая установлена в виртуальную машину (программа такая). И тогда этот виртуальный антивирус из виртуальной машины может сканировать Ваши реальные диски. С точки зрения винды установленной в виртуальную машину, Общие папки, настроенные программой Virtualbox, это сетевые диски. И если Вы укажете как общую папку диск С, то для родной операционной системы не меняется ничего, а антивирус из виртуальной машины просканирует Ваш диск С как сетевой диск. Вот и все.
Если Вы установите в виртуальную машину Windows 7, то подключить общие папки проще простого.
Далее в виртуальной ОСи открываем Мой компьютер. Жмем на Сетевое окружение. Разрешаем назвать эту сеть (Virtualbox) локальной. Входим в папку. Правый щелчок и сканировать антивирусом. А вот с Windows XP чуть больше возни. Внимание - это настройки для ВИРТУАЛЬНОЙ OS Windows XP! Той, которая в виртуальной машине!
Опять Сетевое окружение.
Я выделил все папки и файлы на диске С курсором (включите отображение скрытых файлов и папок в проводнике) и запустил проверку на вирусы.
Смотреть крупнее. (основная ось - хост система, по другому) Виртуальный антивирус Avast! из виртуальной Windows XP и MSE, установленный в Windows 7 вместе сканируют диск С. Реальный жесткий диск С. На месте Аваста ДОЛЖЕН был быть кто-то еще (перефразировка из моего любимого фильма).
Итого - виртуальный антивирус и антивирус основной операционной системы могут вместе или по очереди сканировать папки на Вашем ПК.